A Diretoria de Aeronáutica da Marinha (DAerM), com sede na cidade do Rio de Janeiro, RJ, foi criada pelo Decreto n° 15.847, de 18 de Novembro de 1922, com a denominação de Comando da Defesa Aérea do Litoral, tendo recebido a denominação atual pelo Decreto n° 16.237, de 5 de Dezembro de 1923.
Foi posteriormente reorganizada pela Lei n° 1658, de 4 de Agosto de 1952 e suas atividades foram inicialmente regulamentadas pelo Decreto n° 36.327, de 15 de Outubro de 1954.
Desde 2003, teve seu atual Regulamento aprovado pela Portaria n° 29, de 1° de Abril de 2003, do Diretor-Geral do Material da Marinha.
O primeiro Diretor nomeado foi o então Capitão-de-Mar-e-Guerra PROTÓGENES PEREIRA GUIMARÃES, que permaneceu no cargo de 1922 à 1924.
Em 26 de Novembro de 1924 foi suspenso o Decreto de criação da Diretoria de Aeronáutica da Marinha, que foi restabelecida, posteriormente pelo Decreto n° 17.153 de 23 de Dezembro de 1925; e em Janeiro de 1941, por Decreto do Presidente da República, foram extintas a Aviação Naval e a Aviação Militar, sendo criada a Força Aérea Nacional, mais tarde Força Aérea Brasileira (FAB). Em 1953 foi reativada a Diretoria de Aeronáutica da Marinha, sendo nomeado Diretor o Contra-Almirante OLAVO DE ARAÚJO.
Atualmente, exerce o cargo de Diretor o Contra-Almirante Hermann Iberê Santos Boehmer Junior.