Hoje, a Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia tem sua organização e atividades estruturadas pelo Regulamento aprovado pelo Comando de Operações Navais, pela Portaria de n.º 83 de 8 de junho de 2004.
Dentre as suas inúmeras tarefas, destacam-se :
Prover todas as facilidades às Unidades Aéreas da MB e ao Centro de Instrução e Adestramento Aeronaval ;
Executar os serviços de manutenção e reparos de 2º e 3º escalões nas aeronaves e equipamentos de aviação da MB;
Prestar apoio aos funcionários civis e militares lotados no Complexo Aeronaval, inclusive seus dependentes, quanto ao pagamento, rancho, assistência social, jurídica, religiosa, médica e de saúde e prestar apoio à Estação Rádio de Campos Novos e ao Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira.
A BAeNSPA também é um órgão de execução e fiscalização do Serviço Militar e ainda dispõe de um aeródromo militar que, por força da legislação em vigor, funciona como aeródromo alternativo para o tráfego da área do Rio de Janeiro.
Missão
Realizar as atividades administrativas, cientificas, técnicas industriais e tecnológicas relacionadas à manutenção de aeronaves, equipamentos e componentes de aviação, controle do tráfego aéreo e prover apoio às OM do Complexo Aeronaval, na área de logística e às atividades aéreas, a fim de contribuir para a prontificação dos meios aéreos destinados ao emprego nas tarefas do Poder Naval.
A Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia também é carinhosamente conhecida por “Macega”, que é uma vegetação típica do litoral norte fluminense. Esta denominação foi dada quando de sua criação, pelos aeronavegantes, devido à abundância dessa vegetação na sua área.
Seu atual Comandante é Capitão de Mar e Guerra Robertson Diogo Melo.