Pelo Decreto n.º 58.591 de 7 de junho de 1966, o Exmo. Sr. Presidente da República aprovou o Regulamento para a Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia, que foi posteriormente revogado pelo Decreto n.º 96.837 de 19 de dezembro de 1986, tendo suas atividades reguladas pela Portaria n.º 1, de 19 de janeiro de 1987, do EMA.
Hoje, a Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia tem sua organização e atividades estruturadas pelo Regulamento aprovado pelo Comando de Operações Navais, pela Portaria de n.º 83 de 8 de junho de 2004.
Dentre as suas inúmeras tarefas, destacam-se :
Prover todas as facilidades às Unidades Aéreas da MB e ao Centro de Instrução e Adestramento Aeronaval ;
Executar os serviços de manutenção e reparos de 2º e 3º escalões nas aeronaves e equipamentos de aviação da MB;
Prestar apoio aos funcionários civis e militares lotados no Complexo Aeronaval, inclusive seus dependentes, quanto ao pagamento, rancho, assistência social, jurídica, religiosa, médica e de saúde e prestar apoio à Estação Rádio de Campos Novos e ao Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira.
A BAeNSPA também é um órgão de execução e fiscalização do Serviço Militar e ainda dispõe de um aeródromo militar que, por força da legislação em vigor, funciona como aeródromo alternativo para o tráfego da área do Rio de Janeiro.
Missão
Realizar as atividades administrativas, cientificas, técnicas industriais e tecnológicas relacionadas à manutenção de aeronaves, equipamentos e componentes de aviação, controle do tráfego aéreo e prover apoio às OM do Complexo Aeronaval, na área de logística e às atividades aéreas, a fim de contribuir para a prontificação dos meios aéreos destinados ao emprego nas tarefas do Poder Naval.
A Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia também é carinhosamente conhecida por “Macega”, que é uma vegetação típica do litoral norte fluminense. Esta denominação foi dada quando de sua criação, pelos aeronavegantes, devido à abundância dessa vegetação na sua área.
Seu atual Comandante é Capitão-de-Mar-e-Guerra Fábio Ângelo de Araújo.